1949（昭和24）年5月31日、「国立学校設置法」公布により、神戸経済大学・ 神戸経済大学予科・神戸経済大学附属経営学專門部・姫路高等学校・神戸工業專 門学校・兵庫師範学校・兵庫青年師範学校を包摂して、神戸大学が設置された。当初は文理学部・教育学部・法学部・経済学部・経営学部・工学部の6学部でスタートし、附属図書館が置かれ、経済経営研究所が附置された。経済学部と経営学部には第二課程が設置された。教養課程の教育は神戸教養課程（後に御影分校）と姫路分校とに分かれて行われた。
1953（昭和28）年4月、大学院法学研究科・経済学研究科・経営学研究科（修士課程・博士課程）が設置され、翌年に文理学部が文学部と理学部とに分離された。1955(昭和30)年7月には法学部にも第二課程が設置された。
1960年代に入ると六甲台地区への学舎統合が始まり、国立移管された医学部と一部の施設を除くすべての学部が、1968（昭和43）年までに六甲台地区に集結した。1963（昭和38）年には教養部が発足し、1964（昭和39）年には兵庫県立神戸医科大学の国立移管により医学部が、1966（昭和41）年には兵庫県立兵庫農科大学の国立移管により農学部が設置された。1967（昭和42）年には兵庫県立神戸医科大学附属病院と兵庫県立厚生女子専門学院も国立移管されてそれぞれ医学部附属病院、同附属看護学校となった。また医学部には附属専修学校として1969（昭和44）年に附属衛生検査技師学校（後に附属臨床検査技師学校）が付設された。
1968（昭和43）年から本格化した大学紛争の影響は神戸大学にも及び、同年12月から翌年にかけて学舎の封鎖などが行われたが、1969（昭和44）年後半には徐々に沈静化した。
大学院は、専攻科での教育（工学専攻科・理学専攻科・文学専攻科・教育専攻科）を改めて、すでに博士課程を設置していた学部を除くすべての学部で1981（昭和56）年までに修士課程まで設置された（大学院工学研究科・理学研究科・文学研究科・農学研究科・教育学研究科）。県立大学時代の研究科を移管して医学研究科（博士課程）が設置されたのは1967（昭和42）年である。新しい博士課程の設置は学部の枠組を越えた独立研究科の設置として準備され、1980（昭和55）年の文化学研究科、1981（昭和56）年の自然科学研究科として実現した。同年には医学部附属の専修学校（附属看護学校・附属臨床検査技師学校）を母体として医療技術短期大学部が発足した。
1992（平成4）年、教育学部・教養部を改組して発達科学部・国際文化学部が、また3番目の独立研究科として大学院国際協力研究科（修士課程、後に博士課程）が発足した。医学部保健学科は、医療技術短期大学部を母体として、1994（平成6）年に設置された。また、自然科学系の大学院（理学研究科・工学研究科・農学研究科）は、同年自然科学研究科（博士課程前期課程）に移行した。さらに1997（平成9）年に大学院総合人間科学研究科（修士課程、後に博士課程）が設置された。保健学専攻の新設にともない、大学院医学研究科は1999（平成11）年に医学系研究科と改められた。なお、1990年代には第二課程の見直しも行われ、1993(平成5)年には経営学部に、1994年(平成6)年には法学部と経済学部に昼間主コースと夜間主コースが設けられた。
2003（平成15）年には神戸大学と神戸商船大学とが統合し、第11番目の学部として海事科学部が設置された。 2004 (平成16) 年、国立大学法人法の施行に伴い、設置者が「国」から「国立大学法人神戸大学」となった。
2008（平成20）年、大学院医学系研究科保健学専攻の改組・独立により、大学院保健学研究科（博士課程）が設置され、 2010 (平成22) 年には第14番目の大学院としてシステム情報学研究科 (博士課程) が設置された。
現在神戸大学は、10の学部、15の大学院研究科、1研究環、1研究所と多数のセンターをもつ全国有数の総合大学に発展している。
※学部及び学部附属施設(機関）の沿革は、沿革略図 (学部) を、大学院、附属図書館及び学内共同教育研究施設等の沿革は、沿革略図 (大学院等) を参照。
※詳細は沿革年表を参照。